Juan Cruz Komar se formó en Boca pero su paso por el club fue bastante breve, ya que la mayor parte de su carrera como profesional la recorrió en Talleres de Córdoba.
Al ser consultado por la posibilidad de reemplazar a Martínez Quarta en la defensa de River, explicó: Entiendo lo que significaría pero lo tendría que pensar si se da la situación. Yo no tengo una obligación para el resto de mi carrera con ningún club en el que haya jugado. Obviamente que tengo lazo afectivo con Boca porque me ha formado y he estado súper cómodo. Pero eso tampoco te obliga a algo para siempre, y menos en mi caso que, como otros, tampoco es que estamos tan identificados y tenemos cientos de partidos y títulos en Boca...".
Cabe remarcar que apenas disputó cinco partidos en Boca, en sus inicios allá por 2014, y fue parte del plantel campeón del torneo local en 2015. Incluso, en 2016 se marchó a préstamo a Talleres para jugar la B Nacional, ascendió y terminó encontrando su lugar (el club cordobés compró el 50% de su ficha).
